今までエイリアスなど説明してきましたが、これらを実行の途中ではなく、 あらかじめファイルに定義しておいて、それらをIPythonの起動時に読み込ませたいと思うはずです。
IPythonではベースになる設定ファイル(ipythonrc)、そして開発したい分野やアプリ毎に定義したプロフィールファイル (ipythonrc-foobar)の２つに分けておいて、Ipythonの起動時にこの２つを読み込むことができます。
サンプルとして、.ipythonディレクトリにipythonrc-mathとipythonrc-numericというプロフィールファイルが あるはずです。前者は基本的な数学に関連するモジュールをロードし、後者は数値配列用のモジュールを ロードするようにするプロフィールファイルです。ファイルを見ればわかりますが、 まずベースファイルipythonrcをロードし、それから個々の設定を定義しています。
プロフィールファイルを使ってIPythonを起動するには、
ipython -p math ipython -p numeric
のように、「ipythonrc-プロフィール名」のプロフィールファイルを「ipython -p プロフィール名」 というように読み込みます。
サンプルに、ipythonrc-tutorialというのがあります。これをコピーして、 マニュアルやipythonrcを参照しながら自分のプロフィールファイルを作ってみるといいと思います。